オンライン資格確認を療養担当規則で原則義務化するのは違憲だとして、全国の医師・歯科医師が国を訴えた裁判の控訴審が始まり、第1回口頭弁論が2025年11月26日、東京高等裁判所で行われた。控訴審にあたり、医師・歯科医師1万2,222人が原告となっている。控訴審では、原告団の佐藤一樹氏（東京保険医協会理事）が意見陳述を行い、一審判決が原告の主張に向き合っていないことを批判し、現状の日本における医療情報セキュリティレベルでは、患者の診療情報を守ることができないと訴えた。

その後に行われた記者・原告説明会では、弁護団が控訴理由書などを解説。一審判決では、オン資義務化の反対意見は、全国保険医団体連合会、保険医協会・医会の「特定の団体内の意見」に限られるとした。しかし、保団連は全国の医師・歯科医師の会員約10万7，000人が加入しており、「特定の団体」と位置付けて無視できる規模ではなく、このような取り扱いは許されないこと―などと説明した。

また、一橋大学大学院の只野雅人教授（憲法）、名古屋大学大学院の稲葉一将教授（行政法）による意見書も提出したことが報告された。それら意見書を踏まえて原告側は、行政機関が「法律の文言上、無理のある判断を行い、（中略）多くの保険医療機関の反対を押し切って、新たに義務を課す制度を、（法律より下位の）規則によって無理やり導入しようとしている」と主張した。

弁護団長の喜田村洋一弁護士は、専門家2名の意見書を提出できたことへの有効性を強調した上で、「国民主権のもとに法律に基づいた規則でならなければならないという考えに立った判決が下されるものと信じています」と期待を込めた。

第2回口頭弁論は、2026年2月25日（水）午前11時30分から東京地裁にて行われる。